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《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》（以下简称《决定》）指出：“统筹优化地方机构设置和职能配置，构建从中央到地方运行顺畅、充满活力、令行禁止的工作体系。科学设置中央和地方事权，理顺中央和地方职责关系，更好发挥中央和地方两个积极性，中央加强宏观事务管理，地方在保证党中央令行禁止前提下管理好本地区事务，合理设置和配置各层级机构及其职能。”这为统筹优化地方机构设置和职能配置指明了方向、提供了遵循。
地方机构设置和职能配置既有一般性也有特殊性
地方机构改革在指导思想、目标和内容上，与中央层面党和国家机构改革是一致的。地方机构改革要遵循统一的指导思想和统一的目标，坚持统一的原则。在改革任务方面，要完善坚持党的全面领导的制度，优化政府机构设置和职能配置，统筹党政军群机构改革，推进机构编制法定化。
每一个地方均有一定的特殊性，需要因地制宜。我国是一个大国，在具体实施管理时，分为众多行政区划。截至2016年底，省一级区划有32个（不含2个特别行政区），地一级有334个，县一级有2851个，乡一级有41002个。在众多行政区划中，不仅存在因管理层级不同而导致的管理职责不同，而且经济文化发展水平、产业结构和发展规划、民族构成等方面的差异也都决定了在机构设置和职能配置上要因地制宜。
妥善处理一般性和特殊性的关系，关键要把握好4个要点：一是确保全国政令统一，二是赋予省级及以下政府更多自主权，三是构建简约高效的基层管理体制，四是规范垂直管理体制和地方分级管理体制。
确保党中央令行禁止和全国政令统一是统筹优化地方机构设置和职能配置的最基本前提
地方机构设置要保证有效实施党中央方针政策和国家法律法规。党章规定：“必须实行正确的集中，牢固树立政治意识、大局意识、核心意识、看齐意识，坚定维护以习近平同志为核心的党中央权威和集中统一领导，保证全党的团结统一和行动一致，保证党的决定得到迅速有效的贯彻执行。”宪法第一百一十条规定：“地方各级人民政府对上一级国家行政机关负责并报告工作。全国地方各级人民政府都是国务院统一领导下的国家行政机关，都服从国务院。”维护全国政治权力的集中统一，维护全国各族人民的安定团结，是全国人民的政治共识。我们要高度重视确保党中央令行禁止和全国政令统一的极端重要性，并将之贯彻到统筹优化地方机构设置和职能配置的全过程。
省、市、县各级涉及党中央集中统一领导和国家法制统一、政令统一、市场统一的机构职能要基本对应。确保党中央令行禁止和全国政令统一，必然要求从中央到省、市、县各级党和国家的机构职能基本对应。基本对应并不排斥每一个地方的特殊性，它强调的是有效实施党中央方针政策和国家法律法规，而不是强调机构和职能完全对应。基本对应并不是要求“上下一般粗”，它强调的是上下贯通、执行有力，而不是实行机构和职能的机械对接。每一个地方的机构都是有限额的，而且越往下限额越少。如果都一一对接，也对接不过来。所以，在机构总数有限的情况下，能对口设置的对口设置；不能对口设置的，只能保证下级有明确的机构和职能来承接上级机构的指令并贯彻实施。
赋予省级及以下政府更多自主权是统筹优化地方机构设置和职能配置的重要任务
下放权力是增强地方治理能力的重要途径。地方和中央的事务不完全一样，中央主要是加强宏观事务管理，而地方不仅要保证党中央政令畅通，还要管理好本地区事务。中央大政方针需要地方各级结合本地实际，调配各种资源，通过各种办事环节的具体操作，最终才能让群众得到实惠。要办事就得有能力，增强地方治理能力的一个重要途径是下放权力。《决定》提出“把直接面向基层、量大面广、由地方实施更为便捷有效的经济社会管理事项下放给地方”，就是着眼于增强地方的治理能力，提高办事效率，更好地服务群众、方便群众。
做好地方因地制宜设置机构和配置职能这一套自选动作。《决定》指出：“除中央有明确规定外，允许地方因地制宜设置机构和配置职能，允许把因地制宜设置的机构并入同上级机关对口的机构，在规定限额内确定机构数量、名称、排序等。”对于某一个具体地方来说，中央关于深化党和国家机构改革的大政方针已经明确，主要的改革任务已经明确，相应的规定动作会逐级下达，地方在机构设置和职能配置上的自主权也已经明确。剩下的是如何吃透中央精神，结合本地实际，用好自主权，编排出因地制宜设置机构和配置职能的自选动作，并在做好规定动作的同时做好自选动作。各地都有自己的具体情况，也都有自己的特殊性。即便是中央规定的统一动作，落到具体的地方，也是轻重难易各不相同。这就需要在做自选动作的过程中，坚持党的思想路线和发扬党的优良传统，坚持一切从实际出发，深入调查研究，从群众中来、到群众中去，解放思想、实事求是、与时俱进、求真务实。
构建简约高效的基层管理体制是统筹优化地方机构设置和职能配置的战略选择
乡镇和街道管理体制建设，事关国家治理体系和治理能力的基础。乡镇和街道是我国最基层的政权，上级指令多数要通过这一级政权来实现。对于城市居民和农村村民来说，更多也是通过乡镇和街道的所作所为来感受党和国家的温暖，并通过其形象来认知党和政府。同样，老百姓对党和国家机构改革效果的评价，也主要是看乡镇和街道的办事效率是否提高，是否更公道、更便捷。基础不牢，地动山摇。必须高度重视基层政权建设，夯实国家治理体系和治理能力的基础。
基层政权机构设置和人力资源调配必须面向人民群众、符合基层事务特点。上级机关是分部门研究制定政策，乡镇和街道则是组成团队，包村（居委会）到人、包户到人去落实政策。工作模式不同，人员和职能任务的摆布模式自然也就不同。所以，乡镇和街道机构设置必须面向人民群众、符合基层事务特点，不能照搬上级机关的设置模式，不能要求乡镇和街道也对口上级机关设置机构和配置职能。
根据工作需要，设立综合性机构，实行扁平化和网格化管理。《决定》提出，基层政权的机构设置要“根据工作实际需要，整合基层的审批、服务、执法等方面力量，统筹机构编制资源，整合相关职能设立综合性机构，实行扁平化和网格化管理”。一是根据工作实际需要来考虑基层的机构，既不要一哄而起，也不要千篇一律。二是尽可能综合设置。基层的人员编制等资源极为有限，基层办事是综合办事，需要相互补充、相互调剂，只能整合力量、整合资源、整合相关职能，设立综合性尽可能高一些的机构。三是基层机构不要叠床架屋。不要在服务大厅上再搞一个管大厅的机构，然后上面再来一个分管领导。乡镇和街道分管领导可以直接兼服务大厅的主任，实行扁平化管理。网格化管理是现代城市管理的一种手段，即将城市社区分成众多网格化的小格，然后利用现代科技手段实现对每一个网格的精细化管理。
推动治理重心下移，保证基层事情基层办、基层权力给基层、基层事情有人办。加强基层政权建设，还必须推动治理重心下移，尽可能把资源、服务、管理放到基层，真正让基层政权有足够的能力发挥作用。基层政权最靠近人民群众、最了解具体情况，人民群众的诉求最先向基层政权表达，最后的管理责任也是由基层来承担的。因此，要将基层办事所需资源给予基层。
真正发挥基层政权的基础性作用，优化上级机关对基层的领导方式。上级机关要改变要求下级对口设置机构的习惯性思维，既允许“一对多”，由一个基层机构承接多个上级机构交办的任务；也允许“多对一”，由基层不同机构向同一个上级机构请示汇报工作。同样，上级机关对基层的监督管理也不能搞成事无巨细都要拿到上级来审批。上级机关要着力明确基层的办事依据，规范政策标准和工作流程，控制基层办事的自由裁量权。同时，辅之以必要的监督和检查，特别是要健全监督体系，发挥人民群众监督作用，发挥行政相对人（到基层办事的人员）评价基层的作用。
不能忽视供水、供电、供气等直接服务民生的公共事业部门的改革。对于人民群众来说，经常打交道的还有基层负责供水、供电、供气等的各种“站”和“所”。党和国家机构改革的一条极为重要的原则是坚持以人民为中心，改革的出发点和落脚点是实现好、维护好、发展好最广大人民根本利益。所以，在推进基层政权改革时，要积极推进直接服务民生、向人民群众提供普遍服务的公共事业部门的改革，改进这些基层单位的服务方式，最大限度地方便群众。
规范垂直管理体制和地方分级管理体制
从政治学的角度来划分，我国的国家结构形式是单一制，而不是联邦制，并不搞所谓的地方政府专属权。宪法规定，中华人民共和国的国家机构实行民主集中制的原则（第三条）。宪法还规定，国务院是最高国家行政机关（第八十五条），国务院统一领导全国地方各级国家行政机关的工作，规定中央和省、自治区、直辖市的国家行政机关的职权的具体划分（第八十九条第四项）。从宪法第八十九条对中央政府职权的规定和第一百零七条对县级以上地方各级人民政府权限的规定来看，有少部分事项是中央政府有、地方政府没有的，而多数事项是中央和县以上地方各级人民政府都有的。从政治实践来看，一类事务是中央负责、中央直接管，而另一类是多数事务，是中央定大政方针，具体由地方分级管理。理顺和明确中央与地方的权责关系，要从理顺和明确这两类事务的权责关系入手。
属于中央事权、由中央负责的事项，由中央设立垂直机构实行规范管理。实行垂直管理是强调由中央负责任，并不是搞“井水不犯河水”。在实际工作中，中央垂直管理机构需要协助和配合地方行使职权，也需要地方的协作和配合，因而要健全垂直管理机构和地方的协作配合机制。
属于中央和地方协同管理、需要地方分级负责的事项，实行分级管理。实行分级管理强调的是地方各级的责任，而不是排斥中央的统一领导。为此，中央要加强指导、协调和监督。
